Trước khi BoBoiBoy: The Movie ra mắt vào năm 2016, Nizam Razak chi biết anh đã có ý tưởng cho phần phim thứ hai. Đạo diễn Nizam Razak cho biết quá trình thực hiện phần phim thứ hai nhanh hơn phần đầu tiên và chỉ mất một năm để hoàn thành. Đội ngũ làm phim đã thực hiện tác phẩm trong giới hạn 12 tháng để xem liệu họ có thể thực hiện một bộ phim mà không ảnh hưởng đến chất lượng hoặc cốt truyện của phim hoạt hình hay không. Razak thừa nhận mình gặp nhiều áp lực khi phải hoàn thành bộ phim đúng tiến độ nhưng đội ngũ sản xuất 100 người của anh đã giúp anh thực hiện được điều đó. Để mang đến chất lượng tốt nhất cho khán giả, đội ngũ đã sử dụng công nghệ tốt Redshift và phương pháp mô phỏng toàn diện, mặc dù chi phí sản xuất sẽ bị độn lên.[4][5]